Kentsel dönüşümde sıkıntı yaşanan konuların başında kentsel dönüşüm yıkım süreci yer almaktadır.

Kentsel dönüşümde riskli yapıların yıkılması için Bakanlık 60 günlük süre vermektedir. Bu süre kentsel dönüşüm riskli yapı raporunun alınması ile başlatılmakta, kentsel dönüşüm riskli yapı raporuna itiraz işlemi varsa bu itirazın sonuçlandırılmasını takip eden tarih itibari ile başladığı kabul edilmektedir.

Ortak anlaşmaya varılan projelerde riskli yapıların yıkılması müteahhit tarafından sorunsuz bir şekilde gerçekleştirilmektedir. Ancak anlaşmanın sağlanamadığı ve sorunlu olan binalarda yıkım büyük bir sorun haline gelebilmektedir. Sürecin başlaması tapu kütüğüne söz konusu taşınmazların riskli yapı olarak kaydedilmesi ve yapılan bu kayıt işleminin tapu müdürlüğünde hak sahiplerine tebliğ edilmesi ile başlar. Tebligat tarihini takip eden 60 günlük süre içinde yapının yıkılması gerekir.

Müdürlük bu sürenin sonunda binayı ziyaret ederek yıkım işleminin gerçekleştirilip gerçekleştirilmediğini kontrol eder. Riskli yapının yıkım işlemi gerçekleşmemişse bu durumda kat maliklerine 30 gün içerisinde bu yapının idare tarafından yıktırılacağı bildirilir. İdari makamlar 30 günlük süre sonunda bina hala yıkılmadıysa yıkımı gerçekleştirir ve yıkım ücretini dönüşüm projeleri hesabından karşılar. Sorunlu olduğu için bu süre zarfında yıkımı gerçekleştirilemeyen binalarda Bakanlık devreye girer.

Riskli yapının yıkılması işlemi Bakanlık tarafından gerçekleştirilir ve bu yıkıma ait ücret Bakanlık tarafından tapu dairesine bildirilir. Kentsel dönüşümde yıkımı Bakanlık gerçekleştirirse bu yıkıma ait giderler kat malikleri arasında tapu oranlarına eşit şekilde bölüştürülerek tapularına ipotek olarak işlenir. Yani Bakanlık bu yıkım giderini tapu sahiplerinden tahsil eder. Bu nedenle yıkımın bu aşamaya gelmeden hak sahiplerinin anlaşma yoluna giderek gerçekleştirmeleri için psikolojik bir baskı oluşturulmuş olur. Pek çok projede kat sahiplerinin hak kaybına uğradıkları iddiası ile yaşanan sorunlar projelerin hızlı bir şekilde hayata geçirilmesini engellerken yaşanan sorunlar projelerin hızlı bir şekilde tamamlanmasını da geciktirmektedir.